يجب وضع الأطعمة الصحية الببتيدية فقط في مكان بارد وجاف.

بالنسبة للكواشف الببتيدية والأدوية الببتيدية، يجب حفظها في المجفف. يمكن وضع الببتيدات المجففة بالتجميد في درجة حرارة الغرفة قبل تعريضها للهواء. سيؤدي ذلك إلى تقليل تأثير الرطوبة، وعندما لا يكون التجفيف بالتجميد ممكنًا، فإن أفضل طريقة هي تخزين عينات العمل بكميات صغيرة. بالنسبة للكواشف الببتيدية التي تحتوي على Cys أو Met أو TrP، يعد المخزن المؤقت لإزالة الأكسدة ضروريًا لحلها، لأن كاشف الببتيد يتأكسد بسهولة عن طريق الهواء، كما أن تدفق النيتروجين أو الأرجون ببطء من كاشف البولي ببتيد قبل إغلاق الزجاجة سيقلل أيضًا من الأكسدة. الكواشف الببتيدية التي تحتوي على Gln أو Asn تتحلل أيضًا بسهولة، وجميع الببتيدات لها عمر محدود مقارنة بتلك التي لا تحتوي على هذه الليوسيدات المسببة للمشاكل.
الببتيدات لديها مجموعة واسعة من الذوبان. المشكلة الرئيسية في عدم ذوبان الببتيد هي تكوين الهياكل الثانوية. يحدث هذا في جميع الببتيدات باستثناء أهمها، خاصة في الببتيدات ذات المخلفات المتعددة الكارهة للماء. يعزز الملح تكوين البنية الثانوية. نوصي أولاً بحل الببتيد في الماء المقطر المعقم أو إزالة الأيونات. إذا كان من الضروري زيادة الذوبان، يمكن استخدام صوتنة. لا يزال الذوبان يمثل مشكلة، حيث أن إضافة كمية صغيرة من حمض الأسيتيك المخفف (10 بالمائة) أو الأمونيا سوف يسهل الذوبان.
للحفاظ على كواشف الببتيد على المدى الطويل، من الأفضل تجميدها وتجفيفها، ويمكن تخزين المسحوق المجفف على البارد عند درجة -20 أو أقل لعدة سنوات مع تحلل قليل أو معدوم. الببتيدات في المحلول بعيدة كل البعد عن الاستقرار. الببتيدات عرضة للتحلل البكتيري ويجب إذابتها في الماء النقي المعقم.
تتمتع محاليل الببتيد التي تحتوي على بقايا Met أو Cys أو Tyr بعمر محدود بسبب الأكسدة. يجب أن يذوب في مذيب لاهوائي، من أجل منع التدمير المتكرر بالتجميد والذوبان، فمن المستحسن حل الببتيد الزائد في تجربة البراز، ويتم الحفاظ على بقية الببتيد كتكوين صلب.